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Mootools
主页：http://mootools.net/

设计思想
面向对象的设计思想。

优点
模块化，各模块代码非常独立，最小的核心只有8k，最大的优点是可选择使用哪些模块，用的时候只导入使用的模块即可，完整的也不到180k（没有压缩），压缩后不到70k。
语法的简洁，直观。
特效（Effects）：这一点比jQuery稍强，现在也正在开发Mootools UI（这应该是Ajax框架开发的一个趋势）。
代码写的优美，易阅读和修改。
文档的完整（最新的1.2beta的文档比以前更详细）。
活跃的社区：官网(http://forum.mootools.net/)，还有一个IRC。
性能：见：http://mootools.net/slickspeed/

缺点
修改了低层的一些类：如Array, String等，这也是设计思想的不同。
在DOM和CSS Selector上不如jQuery强大。

Dojo
主页：http://dojotoolkit.org/

优点
背后强大的支持：IBM、Sun、BEA等，这是非常重要的优势。
功能的强大，Full Stack的框架，扩展了DHTML的能力，例如：
支持与浏览器Back/Forward按钮的集成。
Dojo Offline，一个跨平台的离线存储API。
Chart组件，可以方便地在浏览器端生成图表。
基于SVG/VML的矢量图形库。
Google Maps、Yahoo! Maps组件，方便开发Mashup应用。
Comet支持，通过通用的Buyeux协议。
强大的UI（Dijit）。
面向对象的设计，统一的命名空间，包管理机制（The Package System and Custom Builds）
可扩展性。

缺点
复杂，学习曲线陡。
文档的极端不全，这是一个很大的问题。
API很多不稳定，各版本间改动较大，现在还不是一个成熟的框架。
侵入性太大，页面中大量使用dojo的属性，例如<button dojoType="dijit.form.Button" id="helloButton">，如果将来dojo升级或者换一个框架时，负担会很大。
性能问题，由于dojo加载采用了同步的机制，会暂时锁定浏览器，导致CPU使用率达到100%。另外，很多Widget的速度很慢。